Не дождавшись ответа саппорта Joxi решил таки поковыряться в SQLite базе joxi. И... все работает!

По порядку:

1. Удаляем hotkey в настройках комбинаций клавиш(Клавиатура > Горячие клавиши >Снимки экрана) с пункта "Сделать снимок экрана". Выделяем, жмем Backspace и все.
2. Устанавливаем DB Browser for SQLite
3. Выходим из joxi
4. Идем по пути: /home/user/.joxi (Домашняя папка/.joxi). Папка скрыта. Жмем Ctrl + H.
5. Открываем файл settings
6. Жмем "Browse Data"
7. Ищем в столбике name поле keyFragmentScreen или любой другой hotkey и в поле value пишем Print
8. Жмем "Write Changes" и выходим из софта
9. Запускаем Joxi и радуемся рабочему бинду ;)

В joxi 3.0.5 так же не работают.

Ubuntu 15.10 релизная